Entendiendo un poco la situacion, creo que si hiciste varios sub dominios para tus productos, entonces google puede entender que quieres manipular los resultados.
Otra cosa mas es que quizas google no vio que lo hacias muy natural todo y ahi radica el problema aveces, no creo que por el banner te perjudicara google, eso no lo creo.
Seria bueno que plantearas por lo menos que hiciste, aunque no digas todo pero bueno para quizas darte una respuesta mejor.
Tampoco creo que sea el sBox, porque si fuera eso, pierde posiciones pero vuelve a estar y asi por el estilo, yo mas creo que esta penalizado, aunque no sea severa pero creo que lo pudiese estar.
Saludos, y ojala y todo vuelva a la normalidad....